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基因 | 重庆程氏Y-STR遗传多态性

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发表于 2019-12-11 18:21:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

原文首发于  程氏祖源  公众号,关注微信公众号可以看更多研究文章


“程氏父系基因多样应该被正视,据《元和姓篡》记载程姓以国为氏是主要源流之一,姓氏文化的发展与演化在宗法社会不可约化的复杂性”



第一部分  检测前言

研究程氏父系祖源的时代历史背景,自元末以来的两次大移民运动后,族谱首修基本超过五代以上,由于历史的局限性,谬误与分歧横生。清中期至民国时段全国修谱盛行,遂产生大量的问题族谱。文革之后宗族修谱之风又起,错综复杂的宗族源流与剪不断理还乱的世系,还有众多无谱失源的宗族,期待厘清脉络回归本源。



清康熙33年招民徙蜀诏  图/范阳春秋

“江西填湖广”、“湖广填四川”两次规模空前的大移民,前后有数百万的民籍、军籍、商籍流动,给后人造成的影响深远。我等三人不才,尝试用生物遗传学的方法分析程氏父系祖源的演化,从遗传学、谱牒学和历史学相结合探索程氏父系族群的发展与变迁,为寻根寻亲之路开历史先河。


第二部分  样本概述

2017年第二轮程氏Y染色体样本征集期间,有重庆江津与巫山两地宗族积极响应,先后寄来六份口腔拭子样本,其中江津支系四份,巫山支系两份,样本提供者按各支谱记载分支10代以上,为互不相关样本。



《江津程氏族谱》记载的世系  图/松哥



江津四份样本按宗谱为同宗三支,长房族谱记载源流为元至正十四年(1354年)由徽州府歙县迁湖广麻城孝感乡,明洪武二年(1369年,谱中有记载为洪武元年)迁重庆府巴县,继而迁江津县为开基祖。其宗谱世系上接为徽州府休宁陪郭派提举房,承接与程敏政《新安程氏统宗谱》记载略有差异,孰是孰非需各方进一步详实考证。



《新安程氏统宗世谱》陪郭提举房世系  图/程明宇


巫山两份样本为同一支系,宗谱世系上接不明,有清初碑文记载开基祖于明末清初自湖南石门迁出。供样宗亲曾两次入湘寻访未果,后知离石门对岸之江北有古镇程家集,遂辗转寻访。程家集谱有记载迁湖南之石门,寻根陷入死胡同。



重庆巫山程氏清朝古碑  图/程党


第三部分 检测结果

第二批程氏口腔拭子样本进行DNA提取、扩增、基因分型,重庆六例程氏36Y-STR基因频率、基因多样性GD(Gene Diversity)值详见图表。

除DYS643与DYS389Ⅰ未检测出突变,基因多样性GD值小于0.5的基因座占20%,GD值大于0.6的基因座占47%,最小值为0.3334(DYS533、DYS549、DYS444、DYS439、DYS391、Y-GATA_H4),量大值为0.9667(DYS518)。GD值越高,说明样本在相关位点基因多样性丰富,结果显示江津四例样本基因遗传呈多态性。

江津四例样本按宗谱为同一家系,根据36STR基座组合分型推测结果,父系Y染色体类型(SNP单核苷酸多态性,非实测)如下:

江津1单倍群为O2a2b1a2,

SNP为M134+,F450+,F114+;

江津2单倍群为O1a1a1a1a,

SNP为M119+,M307+,F81+;

江津3单倍群为O1a1a2,

SNP为M119+,M307+,CTS52+;

江津4单倍群为O1a2;

SNP为M119+,M110+,M103+(由于该样本36Y-STR基因座数据有3个位点 缺失,且33STR组合比较特殊,无法推测下游分型)。



巫山两例样本按宗谱为同一家系,根据36Y-STR基因座组合分型结果相同,其父系Y染色体类型:单倍群为O2a2b1a1a;

SNP为M134+,M117+,M133+。


第四部分  遗传学分析

以上分型并非个例样本最末端SNP,Y-STR基因座数据组合属于非典型特征只能分出大类,实测可以细分。

重庆程氏 2 个家系 6 份样本,分 5 个单倍型,其中一个单倍型重复出现2次,即单倍型多样性为 0.9333,同宗度为 0.4(此处按大类计算,同宗度 1 表示 100% 同宗,0 表示完 全不同宗)。



重庆程氏检测结果聚类图


江津程氏家族四例样本,其中有两例实则贵州遵义程氏,宗谱记载为江津程氏分支,分别属于两个支系。按谱江津1为三房后裔,其单倍群为O2系;江津2与江津3同属长房后裔,江津4为二房后裔,此三例Y染色体单倍群同属O1系。

江津2 与江津3 在 2000 年内不同父系,两者共祖于遗传标记M307,即携带Y染色体突变 SNP为M307的祖先,据Yfull计算M307最近共祖时间约7800年前,而两者与江津4共祖时间更为久远。江津1与巫山两例同属于O2系,父系Y染色体类型差异已达万年。



重庆程氏样本遗传关系图


巫山两例样本36Y-STR基因座组合分型属于同一类型,两者遗传差异为4步,4个位点各相差一步。详细差异位点n+1步突变基因座为DYS576和DYS458;n-1步突变为DYS481和DYS449,属于遗传距离较近的支系。

根据家系Y-STR遗传突变速率计算,巫山两例样本最近共祖时间区段为325.71-583.33年。根据巫山程氏基因检测结果,结合碑文记载内容,符合两者共同先祖于明末清初繁衍分支的时间记载。

第五部分  探索延伸

我们做家系祖源探索的基本要求大支系样本提供者聚居同一区域,500年左右分支的家系,单分支样本量不少于3份,且必须为互不相关样本(十代内无血缘关系)。而重庆江津程氏支系四份样本受试者所在区域分散不集中,支系样本量不够充分,足以说明该支家系选样不具代表性,检测结果仅代表其本人,无法代表宗谱所属支系,仅作寻根参考。



单倍群O1a-M119分布图  图/人类学杂记


江津程氏所属父系类型O1a-M119在中国东南沿海、侗傣族群以及台湾原住民中集中分布,华西南出现此类型,完全符合各历史时期相关记载。2018年程氏Y染色体征样期间,有湖北嘉鱼陪郭派提举房样本 5 份,结果出来再进行比对。

复旦大学生命科学学院根据多地大样本DNA基因谱系检测和研究结果发现,有五个Y染色体序列在汉族男性中呈现高频,其总数超过中国汉族男性的60%,这些共同的基因突变发生在约6000年前。据考古学对工具和水稻研究结论,由原始农业向规模化农业转变,人口急剧膨胀的增长时期,标志人类历史性的变化也发生在新石器时代中期公元前6000年左右。五个特征序列,在南北汉族男性中所占的比例均在10%以上,最高达到17%。



O2a2b1a1 - M117谱系树  图/蓝海人类学在线

巫山两例样本已经科学证明共祖,其父系Y染色体类型为中国汉族五大超级祖先之一,即属于携带遗传标记为M117+,M133+的祖先后代,在藏缅族群中有较多分布,在汉族中高频分布,地理上在东亚、东南亚分布广泛。

目前在我们程氏父系基因库中尚未匹配到与重庆六例相近的样本,各地支系样本积累越丰富,匹配相同或相近的机率越高。呼吁有幸看到本文的已测宗亲和外族,程氏父系祖源愿与你同行。



[感谢网友欧文、古兄与余兄的帮助;欢迎提供寻根线索]
参考资料:
1、《中国移民史》 曹树基  福建人民出版社 1997;
2、《湖南长沙汉族人群25个Y-STR基因座的遗传多态性》赵霖等;
3、《Y染色体携带的历史》严实;
4、《程氏宗谱汇编 新安程氏世系》第一辑 程宗成等 2010;
5、《江津程氏宗谱》;
6、http://isogg.org 单倍群与SNP标准命名体系;
7、http://www.yfull.com 基因数据分析与共祖时间计算;

-  END -   

[下期预告:江西乐平程氏父系祖源研究]


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发表于 2021-4-8 13:42:17 | 显示全部楼层
怎么联系你宗亲
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发表于 2023-7-12 14:50:38 | 显示全部楼层
我的基因测序结果:O-MF28309➡O-MF58763➡O-MF439422
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发表于 2023-8-20 17:59:41 | 显示全部楼层
家谱只讲传承,不讲基因。
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